El artículo 2° del decreto 929 de 2007, establece como principales funciones de la Comisión de Búsqueda de Personas Desaparecidas, las siguientes:

1. Apoyar la investigación en los casos de desaparición forzada para encontrar a los desaparecidos, determinar las condiciones de su desaparición y establecer la identidad de los presuntos responsables.

2. Promover investigaciones por desaparición forzada mediante el conocimiento de casos, la adecuación de la conducta, los mecanismos de investigación y la efectiva protección de los derechos de la víctima.

3. Diseñar, evaluar y apoyar la ejecución de planes de búsqueda de personas desaparecidas, mediante la asesoría de expertos, la adecuación de los planes a las normas vigentes y a los fines de la investigación, y el apoyo a las autoridades judiciales que activen el Mecanismo de Búsqueda Urgente.

4. Conformar grupos de trabajo para el impulso de la investigación en casos específicos de desaparición forzada, a los cuales no se les opondrá reservas respecto de las diligencias penales que requieran conocer para el cumplimiento de sus funciones, salvo las establecidas por la ley.

5. Impulsar y supervisar los registros: Nacional de Desaparecidos y Cadáveres N.N. y el de Personas Capturadas y Detenidas.

6. Coordinar con todos los niveles, la acción de los organismos públicos y privados para la efectiva aplicación de la Ley 589 de 2000.

7. Promover apoyo a los familiares de los desaparecidos ante organismos públicos y privados. viii) Adoptar las decisiones y medidas que considere pertinentes para la búsqueda de personas desaparecidas y la investigación del delito de desaparición forzada.

La Ley 971 de 2005, en el artículo 18, creó un fondo cuenta para el funcionamiento de la Comisión de Búsqueda y para el manejo de los recursos provenientes de diferentes fuentes, destinados al manejo y promoción de las actividades asignadas a tal comisión, y para el apoyo a las autoridades judiciales que activen el Mecanismo de Búsqueda Urgente.

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